最初，PSB的职能是由一项未公布的总统令决定的。然后，杜马授予它监视某些人的权利，1996年5月，杜马颁布了法令。该法案赋予了俄罗斯情报机构几乎无限的权力，包括打击外国情报、打击犯罪和设计武器系统等权利，不过杜马删去了一项允许俄罗斯情报机构从事商业活动的条款。随着时间的推移，PSB从一个政府组织演变成一个只忠于自己的指挥官，为科尔扎科夫的个人政治利益服务的组织。科尔扎科夫从1987年起就一直是叶利钦的保镖，1991年8月，在叶利钦发表历史性演讲时，他站在他的老板旁边，站在一辆坦克上。
科尔扎科夫经常被指控干涉政府事务，因为该部门收集了有关高级政府官员腐败、受贿和浪费金钱的证据。科尔扎科夫的手下研究了国家体育基金的资金来源，最后把总统安全局的一名工作人员安置在这个纯粹的商业机构的负责人。该部门从事打击走私的工作，1996年2月29日，总统安全处完成了一项行动，在Sheremetevo-2号没收了一批从伦敦运往莫斯科的总价值为300万美元的珠宝。据报，PSB获得的文件表明Anatoly Chubais在私有化期间参与非法金融阴谋，其中他的银行家伙伴Gusinsky、Berezovsky和Vladimir Potanin。1994年12月，Korzhakov组织了对Vladimir Gusinskii领导的大多数银行莫斯科总部的武装袭击。古辛斯基是莫斯科市长卢日科夫的盟友，卢日科夫是叶利钦在1996年总统选举中的潜在对手。突袭发生后不久，卢日科夫否认自己有任何竞选总统的意愿，自1995年1月古辛斯基举家迁往伦敦后，他就再也没有出现在俄罗斯。陆军上将F.D. Bobkov是第五部门的启发者和创造者，后来成为苏联克格勃第一副主席，目前担任最金融集团分析服务的负责人。
1996年开始时，人们怀疑鲍里斯·叶利钦总统是否会允许举行选举，1996年5月5日，科尔扎科夫明确要求推迟选举。但是叶利钦在1996年6月16日的第一轮总统选举中以35%的选票领先，并计划在定于1996年7月3日举行的决胜选举中与久加诺夫竞争。1996年6月19日晚，Sergei Lisovsky和Arkady Yevstafyev据说携带一个装有50万美元的箱子，在离开俄罗斯白宫时被逮捕。在被总统安全部门审问了11个小时后，利索夫斯基(一个富有的广告和娱乐业巨头)和叶夫斯塔夫耶夫(前第一副总理丘拜斯的亲密助手)被释放。在丘拜斯的透露下，电视网络整晚都在播报丑闻的最新进展，并将这次逮捕描述为科尔扎科夫的一次未遂政变。
在第一副总理奥列格·索斯科韦茨(负责国防工业)、联邦安全局局长米哈伊尔·巴尔苏科夫(Mikhail Barsukov)和亚历山大·科尔扎科夫(Aleksandr Korzhakov)(巴尔苏科夫的儿子娶了科尔扎科夫的女儿，据报道科尔扎科夫帮助他的女婿获得了反情报部门负责人的职位)的唆使下，逮捕行动显然是诋毁叶利钦连任竞选计划的一部分。
然而，在丘拜斯的敦促下，叶利钦于6月20日突然解雇了这三人。这三人都是反对市场改革的强硬派，车臣战争的坚定支持者，反对举行总统选举。杜马议长Gennadii Seleznev说，科尔扎科夫和巴尔苏科夫被解雇是因为他们“侵犯了最神圣的神圣之处——为叶利钦竞选提供秘密资金”。根据一种观点，Korzhakov、Barsukov和Soskovets的被解雇是总统内部小圈子内派系斗争的结果，一方想要以武力夺取权力，另一方想要“合法”赢得选举。另一些人则认为，这些事件是在三个群体之间持续斗争的背景下发生的:前电力部门负责人、能源机构的代表和金融界的代表。
因此，PSB不再以亚历山大·科尔扎科夫领导下的形式存在。公安机关对政治的干预于1996年6月20日结束，科尔扎科夫被解职。接替他的是阿纳托利·库兹涅佐夫(Anatoli Kuznetsov)，一个没有政治抱负或兴趣的专业人士，在雷日科夫担任总理期间，他第一次成为了俄罗斯国家安全局(PSB)的官员。在科尔扎科夫被替换后，联邦安全局被并入由尤里·克拉皮文领导的联邦保护性服务(FSO)。根据1996年6月6日的法律，PSS和FSO是两个独立的组织。PSB状态的变化包括:
在科尔扎科夫被解雇后的几个月里，PSB发生了重大变化。它现在被限制在履行保护总统的既定职能，不再收集有关高级官员和政客的有害文件。在Korzhakov辞职后，大约15-20名PSB官员被立即解雇，另外100名PSB官员在接下来的几个月里提交了他们的辞职，还有大约850人留在工作人员中(尽管其他报告称FSB的工作人员总数约为1500人)。